「WR250R」のカラー＆グラフィックは、競技用モデル2016年YZシリーズのイメージを継承したグラフィックの「ディー プパープリッシュブルーソリッドE（ブルー）」と、ビッグロゴグラフィックで存在感を印象づける「パープリッシュホワイトソリッド1（ホワイト）」の2色 設定です。
「WR250X」の車体色はストリートに映える「ヤマハブラック（ブラック）と、「パープリッシュホワイトソリッド１（ホワイト）」を継続、タンクサイドからサイドカバーにまたがるビッグロゴグラフィックとゴールドリムが新たな特徴となっています。